注册会计师按照自上而下的方法实施审计工作，自上而下的方法是注册会计师识别风险、选择拟测试控制的基本思路。注册会计师在实施审计工作时，可以将企业层面控制和业务层面控制的测试结合进行。
1.测试企业层面控制。注册会计师测试企业层面的控制，在把握重要性原则的基础上，一般关注：与内部环境相关的控制;针对董事会、经理层凌驾于控制之上的风险而设计的控制;企业的风险评估过程;对内部信息传递和财务报告流程的控制;对控制有效性的内部监督和自我评价。
2.测试业务层面控制。注册会计师测试业务层面的控制，在把握重要性原则的基础上，结合企业实际、内部控制相关法律法规要求和企业层面控制的测试情况，重点对企业生产经营活动中的重要业务与事项的控制进行测试。注册会计师需关注信息系统对内部控制及风险评估的影响。
3.测试与舞弊风险相关的控制。注册会计师在测试企业层面控制和业务层面控制时，应评价内部控制是否足以应对舞弊风险。舞弊风险因素是指注册会计师在了解被审计单位及其内部环境时识别的、可能表明存在舞弊动机、压力或机会的事项或情况，以及被审计单位对可能存在的舞弊行为的合理化解释。与舞弊风险相关的控制通常包括：针对重大的非常规交易的控制;针对关联方交易的控制;与管理层的重大会计政策和会计估计相关的控制;针对期末财务报告中编制的分录和作出的调整的控制;能够减弱管理层伪造或不恰当操纵财务结果的动机及压力的控制等。注册会计师应当根据舞弊风险评估结果，对上述控制实施有针对性的测试。
4.测试内部控制设计与运行的有效性。如果某项控制由拥有必要授权和专业胜任能力的人员按照规定的程序与要求执行，能够实现控制目标，表明该项控制的设计是有效的;如果某项控制正在按照设计运行，执行人员拥有必要授权和专业胜任能力，能够实现控制目标，表明该项控制的运行是有效的。
5.获取内部控制有效设计与运行的证据。注册会计师在测试内部控制设计与运行的有效性时，可综合运用询问适当人员、观察经营活动、检查相关文件、穿行测试和重新执行等方法，获取充分、适当的证据以支持审计结论。与内部控制相关的风险越高，注册会计师需要获取的证据越多。为确保证据的充分性和适当性，注册会计师通常需对测试时间安排进行权衡，既要尽量在接近企业内部控制自我评价基准日实施测试，又要保证实施的测试能够涵盖足够长的期间。注册会计师对于内部控制运行偏离设计的情况(即控制偏差)，应确定该偏差对相关风险评估、需要获取的证据以及控制运行有效性结论的影响。在连续审计中，注册会计师有必要考虑以前年度执行内部控制审计时了解的情况，以合理确定测试的性质、时间安排和范围。
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