企业内部控制评价部门应当编制内部控制缺陷认定汇总表，结合日常监督和专项监督过程中发现的内部控制缺陷及其持续改进情况，对内部控制缺陷及其成因、表现形式和影响程度进行综合分析和全面复核，提出认定意见，按照规定的权限和程序进行审核后予以最终认定。
1.内部控制缺陷报告
内部控制缺陷报告应当采取书面形式。对于一般缺陷和重要缺陷，通常向企业经理层报告，并视情况考虑是否需要向董事会及其审计委员会、监事会报告;对于重大缺陷，应当及时向董事会及其审计委员会、监事会和经理层报告。如果出现不适合向经理层报告的情形，如存在与经理层舞弊相关的内部控制缺陷，或存在经理层凌驾于内部控制之上的情形等，应当直接向董事会及其审计委员会、监事会报告。企业应根据内部控制缺陷的影响程度合理确定内部控制缺陷报告的时限，一般缺陷、重要缺陷应定期报告，重大缺陷即时报告。
2.内部控制缺陷整改
企业对于认定的内部控制缺陷，应当制定内部控制缺陷整改方案，按规定权限和程序审批后执行，即明确内部各管理层级和单位整改的职责分工，确保内部控制设计与运行的主要问题和重大风险得到及时解决和有效控制。对于认定的重大缺陷，还应及时采取应对策略，切实将风险控制在可承受度之内，并追究有关机构或相关人员的责任。董事会应负责重大缺陷的整改，接受监事会的监督。经理层负责重要缺陷的整改，接受董事会的监督。内部有关单位负责一般缺陷的整改，接受经理层的监督。内部控制缺陷整改方案一般包括整改目标、内容、步骤、措施、方法和期限等，整改期限超过一年的，还应在整改方案中明确近期目标和远期目标以及对应的整改工作任务等。
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